Toretänk

Fleregenskapsanalyser med Asreml kräver att du talar om ”din första gissning” av de varianser, kovarianser eller motsvarande som man tänker räkna fram = startvärden. Men hur (i vilken ordning) skriver man startvärdena i kommandofilen?

Många gånger kan det vara svårt att hitta startvärden som är såpass bra gissade att de duger för Asreml att räkna vidare på (ju fler egenskaper desto svårare). Mer om detta finns i till exempel Asreml Cookbook .

Men hur skriver man in dem? Det knepiga är ordningsföljden. Ta det första exemplet i Avsevärda arvbarheter, där raderna med startvärden (i *.as-filen) är

...
(1) Trait 0 US 5 0 10 0 0 .25
...
(2) Trait 0 CORGH 0.8 0.5 0.5 .5 .5 .5
...

Exemplet är genetisk analys av (komponentskattning för) tre egenskaper. US i (1) talar om att residualvariationen för de tre egenskaperna (Trait 0) ska skattas som ostrukturerade varianser/kovarianser i en vanlig symmetrisk 3×3-varians/kovariansmatrismatris:

där v1—v3 är varianserna; c12 = c21, c13 = c31 och c23 = c32 är kovarianserna. Det som räknas upp med 5 0 10 0 0 .25 är matrisens nedre triangel, det vill säga

i den ordning de står: v1 c21 v2 c31 c32 v3. Med matrisuppställning blir det

Matrislayouten går också att använda i Asreml: Byt ut rad (1) mot de fyra raderna

...
Trait 0 US !+6
5
0  10
0  0   .25
...

i stället, där !+6 betyder ”6 tal som skulle ha stått här kommer i stället efter den här raden”. Talen får skrivas på valfritt antal rader — huvudsaken är att det är rätt antal tal i rätt ordningsföljd. Fiffigt, eller hur? Med layout som nedre triangeln av varians/kovariansmatrisen är det troligare att rätt värde kommer på rätt plats!

Ordningsföljden mellan startvärdena bibehålls i tabellen med uträknade ”components” i resultatfilen (*.asr).

Om rad (2) — se nästa artikel!