Avsevärda arvbarheter · 2006-11-25 17:25
Det här är ett exempel1 på hur ett lokalt logL-maximum kan ge häftiga falska heritabiliteter. Det är inget ”recept” utan visar hur det kan bli i bland. Vi börjar med en inputfil (.as-fil) till Asreml som ser ut så här (första raden = Asreml-parametrar2):
!-nw1600
Celkove
id !P family plot repeat !I site
height DBH stemform column row
pedigree.ped !skip 158 !alpha !make
celkove.asd !skip 1 !maxit 20 !extra 6
height DBH stemform ~ Trait Tr.repeat !r Tr.id !f mv
1 2 1
0
Trait 0 US 5 0 10 0 0 .25
Tr.id 2
Trait 0 CORGH 0.8 0.5 0.5 .5 .5 .5
id 0 AINVmed ganska hyfsade startvärden (från single-trait), men det spårar ur med ”Fault 2130 No or Negative residual variation”. Då ändrar vi startvärden så att vi hoppar över kovariansskattningarna och skattningen av korrelationer med stemform (nollställning3), men det ser lika illa ut. I ren desperation börjar vi ändra fler startvärden, först det allra första till en tiondel av första försökets. Vid det laget ser det ut så här:
...
Trait 0 US !+6 !GUFUFFU
.5
0 10
0 0 .25
Tr.id 2
Trait 0 CORGH !+6 !GUZZUUU
0.8
0 0
.5 .5 .5
id 0 AINV
Och — ja hej hej! Det konvergerar! Klipper ut ur resultattabellen, ser ut så här med tillagda egenskapsindex4 och beräknade heritabiliteter:
| Index | Component | Comp/SE | % C | h2 |
|---|---|---|---|---|
| 1,1 | 1.0032 | 5.58 | 0 U | |
| 2,1 | 0 | 0 | 0 F | |
| 2,2 | 3.29207 | 8.01 | 0 U | |
| 3,1 | 0 | 0 | 0 F | |
| 3,2 | 0 | 0 | 0 F | |
| 3,3 | 0.488583 | 46.32 | 0 U | |
| 2,1 | 0.975156 | 200.51 | 0 U | |
| 3,1 | 0 | 0 | 0 F | |
| 3,2 | 0 | 0 | 0 F | |
| 1 | 7.0866 | 26.92 | 0 U | 0.8760 |
| 2 | 15.9875 | 26.78 | 0 U | 0.8292 |
| 3 | 0.022271 | 2.99 | 0 U | 0.0436 |
Och vilka avsevärda arvbarheter! Låt oss då släppa loss kovarianser och korrelationer, ska väl gå bra nu med bra startvärden:
...
Trait 0 US !+6
1.0032
0 3.29207
0 0 0.488583
Tr.id 2
Trait 0 CORGH !+6
0.975156
0 0
7.08660 15.9875 0.022271
id 0 AINVMen Arthur säger då: ”Iteration was aborted because model is not converging. Consider changing the starting values, the model, or use !CONTINUE to push on regardless.” — Nu gäller det att inte ge upp! Vi har nu verkligen anledning att misstro de häftiga heritabiliteterna. Enklast nu är att åtminstone pröva continue-alternativet genom att ändra rad 1 till ”!-cnw1600” och köra vidare — och det ser bra ut! Konvergens och nya skattningar:
| Index | Component | Comp/SE | % C | h2 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 5.65643 | 31.34 | 0 U | |
| 2,1 | 7.03278 | 28.2 | 0 U | |
| 2 | 13.89110 | 33.07 | 0 U | |
| 3,1 | -0.16822 | -5.53 | 0 U | |
| 3,2 | -0.31998 | -6.86 | 0 U | |
| 3 | 0.48882 | 46.4 | 0 U | |
| 2,1 | 0.81829 | 18.17 | 0 U | |
| 3,1 | -0.32795 | -1.98 | 0 U | |
| 3,2 | -0.25935 | -1.5 | 0 U | |
| 1 | 1.01961 | 5.48 | 0 U | 0.1527 |
| 2 | 2.19167 | 5.21 | 0 U | 0.1363 |
| 3 | 0.02201 | 2.97 | 0 U | 0.0431 |
Inte lika härliga heritabiliteter, men bra mycket trovärdigare. Men vi kan ifrågasätta om skattningen av den genetiska korrelationen på –0.26 mellan diameter och stamform har något värde eftersom Comp/SE << 2. Förslag: Sätt den till noll och gör en ytterligare continue-körning!
_____________
1 Exemplet är en single-site multi-trait Asreml-analys som jag fick 2006-11-21 av Jaroslav Klapste, Czech University, Praha
2 Från och med Asreml version 2 kan man skriva startparametrarna till programmet i en extra första rad i .as-filen i stället för på kommandoraden
3 Nollställ korrelationer med Z i stället för F som inte alltid fungerar (”!GZ only applies to FA and FACV…” på s. 133 i Asreml 2.0 user guide är inte hela sanningen, säger Arthur)
4 Egenskap 1 = trädhöjd, 2 = brösthöjdsdiameter, 3 = stamform
Tore Ericsson
kommentera: