Toretänk

Fortsättning på föregående artikel om fleregenskapsanalyser med Asreml, startvärden: Hur (i vilken ordning) skriver man startvärdena i kommandofilen när skattningarna ska baseras på korrelationer i stället för kovarianser?

Som regel är det lättare att hitta bra startvärden ifall man använder en korrelationsmodell (vi vet till exempel att korrelationsvärden håller sig mellan 1.0 och –1.0). Vårt exempel (från Avsevärda arvbarheter) har två rader med startvärden:

    ...
(1) Trait 0 US 5 0 10 0 0 .25
    ...
(2) Trait 0 CORGH 0.8 0.5 0.5 .5 .5 .5
    ...

Rad (2) avser den genetiska delen i analysen. CORGH talar om att varians/kovarianskomponenterna för de tre egenskaperna ska skattas med ostrukturerade varianser och korrelationer i stället för med varianser och kovarianser (som i rad (1) med US). Egentligen är vi ute efter en likadan 3×3-varians/kovariansmatrismatris, men korrelationer är lättare att arbeta med och de kan enkelt räknas om till kovarianser. Korrelationsmatrisen

(r12 = r21, r13 = r31, r23 = r32) med tillhörande varianser [ v1  v2  v3 ] räknas lätt om till en varians/kovariansmatris (som den i föregående artikel).

Det som räknas upp med 0.8 0.5 0.5 .5 .5 .5 är nu korrelationsmatrisens nedre triangel förutom ettorna samt varianserna därunder:

i den ordning de står: r21 r31 r32 v1 v2 v3. Med matrisuppställning blir det

På samma sätt som tidigare kan vi byta ut rad (2) mot de fyra raderna

...
Trait 0 CORGH !+6
0.8
0.5  0.5
.5   .5   .5
...

Och ordningsföljden mellan startvärdena bibehålls i resultatfilens ”components”-tabell.