Spatialanalys och fleregenskapsanalys

Spatialanalys och fleregenskapsanalys · 2009-03-03 15:05

Spatialanalys och fleregenskapsanalys av ett avkommeförsök med tall.
!i Det här är en AS-fil med utökade kommentarrader = de som börjar med !i
!i Första åtgärd om denna fil ska återanvändas: Ta bort alla !i -rader!
!i
!i Exemplet är från analys av försök S23F8310351 i november 2008. 
!i Första radens argument (!args) är part-numret (1, 2 eller 11) och
!i det andra ett egenskapsnamn (med 1 eller 2 men betydelselöst med 11).
!i !workspace 1600 betyder att vi beställer maximal minneskapacitet på 
!i ett 32-bitars MS Windows-system. !wmf betyder att alla grafer ska 
!i skapas i Windows-metafile-format, vilket betyder att uppritandet går 
!i så snabbt att man kan rekommendera att NÄSTAN alltid beställa grafer, 
!i vilka ger användaren erfarenhet av och kännedom om sina data och ofta 
!i ger omedelbar information om att körningen spårade ur fullständigt.
!i Aktivera !nograph om man trots allt vill avstå  från grafer, vilket
!i verkligen rekommenderas för automatiskt upprepade körningar (med typ 
!i ascorr.cmd och liknande där !part 11 används iterativt).
!i
!i Här är vi nu beredda att köra !part 1 med höjd vid 12 år. Rad 1--2:
!i
!args 1 Hjd_12 !workspace 1600 !wmf #!nograph 
Title: 351 Lagfors
#
!i Sedan kommer alla egenskaperna med alla datafält (många används inte).
!i !P är inaktiverat eftersom vi är beredda att köra !part 1 och 2 med 
!i spatialanalys utan hänsyn till hur försökleden (Family_name) är släkt:
!i
 Genotype_id #!P
 Mum_name !A Dad_name !A Stem_id
 Prow * Ppos * Ruta * Rad * Planta * Block *
 Sortnr Family_name !A Mum_type !A Dad_type !A Crosstype #enl Greg
 Bv_exclude
 Lev_12 Vit_12 Hjd_12 Sprant_12 
 Rak_12 Gkva_12 Gvin_12 Sknsju_12 Saelg_12
 	Dia150_12 Gant150_12 Gdiamed150_12 Gvinmed150_12
 Lev_26 Vit_26 Hjd_26 Dia_26 Sprant_26 
 Rak_26 Gkva_26 Gvin_26 Koflerst_26
#
!i Här följer ett antal rader som dels är användarens minnesanteckningar,
!i dels de datafält som kom att läggas till efter spatialanalysen, det är
!i raderna som börjar med  AR1 efter aktivering (= # tas bort):
!i
# Vit_12 inget, Vit_26 Ruta.Rad
# Sprant_12 och Sprant_26 inget, båda liten familjevarians
# Gkva_26 inget, Gvin_26 inget
# Rak_12|26 och Saelg_12 hoppas över
# Obs: Koflerst_26 endast för Dia_26
# AR1_Hjd_12  Adj_Hjd_12  AR1_Hjd_26  Adj_Hjd_26  AR1_Dia_26 Adj_Dia_26
# AR1_Gvin_12 Adj_Gvin_12 AR1_Gkva_12 Adj_Gkva_12
#
!i Här skapas ett 0-1-indikatorfält GA = genetisk analys där GA=1 betyder att
!i trädet ska tas med i den genetiska analysen för parameterskattning med mera
!i (!dopart 11) medan GA=0 är träd i bland annat jämförelsesorter:
!i
 GA !=Bv_exclude !==0 !*Crosstype  !>1
#
!i Här finns i första skedet (för !part 1 och 2) endast datafilen för 
!i spatialanalys (351s.txt). För !part 11 behövs i stället pedigree-filen och
!i datafilen som utökats med spatialdata:
!i
#351p.txt  !SKIP 1 !MAKE  !ALPHA !GROUPS 14
351s.txt !SKIP 1 !MVINCLUDE !DDF 1 !EXTRA 5 !MAXIT 20 !DOPART $A !CSV # spatial
#351dx.txt !SKIP 1 !MVINCLUDE !DDF 1 !EXTRA 5 !MAXIT 200 !DOPART $A !CSV # multi
#
!i !part 1 Ger startvärden till !part 2 och visar eventuella andra
!i design-effekters signifikans:
!i
!PART 1
! Block m.m.
#!CONTINUE
$B  ~ mu Block mv !r Ruta Ruta.Rad Ruta.Planta Family_name 
1 2 0
Ppos Ppos IDEN
Prow Prow IDEN
#
!i I !part 2 sker själva spatialanalysen och utgångsläget är att inga andra 
!i design-effekter behövs (de testas genom att ta bort minustecken).
!i Kovariaten Koflerst_26 ska aktiveras endast för Dia_26:
!i
!PART 2
! Spatial
!DDF 0 !CONTINUE #!VCC 1
$B  ~ mu Block mv -Koflerst_26 !r -Ruta -Ruta.Rad -Ruta.Planta Family_name units 
1 2 0 #!STEP 0.01 !SLOW 20
Ppos Ppos AR1 0.6 !GP
Prow Prow AR1 0.6 !GP
#
!i I !part 11 kör vi alla egenskaper univariat (i en enhetlig multivariat
!i uppställning), bivariat och multivariat efter behag. I !part 11 används
!i pedigreefil (351p.txt) och utökad datafil (352dx.txt) med spatialjusterade 
!i data (datafältraderna ovan vilka börjar med  AR1_... är då aktiverade):
!i
!PART 11
! Multivariat (utan kovarianser/korrelationer = univariat)
!FILTER GA !SELECT 1 !DDF 0 #!CONTINUE #!AISING
# Utan nämvärd genetisk variation: Vit_12 Vit_26 Sprant_12 Sprant_26
 Vit_12 Vit_26 Adj_Hjd_12 Adj_Hjd_26 Adj_Dia_26 Adj_Gvin_12 Gvin_26,
 Adj_Gkva_12 Gkva_26 ~ Trait, 
	at(Trait,1).Block,
	at(Trait,2).Block,
	at(Trait,3).Block,
	at(Trait,4).Block,
	at(Trait,5).Block,
	at(Trait,6).Block,
	at(Trait,7).Block,
	at(Trait,8).Block,
	at(Trait,9).Block,
     at(Trait,5).Koflerst_26,
	!r,
     at(Trait,2).Ruta.Rad,
      Trait.Genotype_id
1 2 1 #!STEP 0.01 !SLOW 20
0 0 IDEN
#Antal egenskaper att analysera = 9
# UNIVARIAT
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #0,0
# BIVARIAT
#Trait 0 US  !GpupFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #2,1
#
#Trait 0 US  !GpFpuFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #3,1
#Trait 0 US  !GpFpFupFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #3,2
#
#Trait 0 US  !GpFpFFpuFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #4,1
#Trait 0 US  !GpFpFFpFuFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #4,2
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFupFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #4,3
#
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpuFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #5,1
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFuFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #5,2
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFuFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #5,3
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFupFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #5,4
#
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpuFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #6,1
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFuFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #6,2
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFuFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #6,3
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFuFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #6,4
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFupFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #6,5
#
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpuFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #7,1
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFuFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #7,2
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFuFFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #7,3
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFuFFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #7,4
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFuFpFFFFFFFpFFFFFFFFp #7,5
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFupFFFFFFFpFFFFFFFFp #7,6
#
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpuFFFFFFpFFFFFFFFp #8,1
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFuFFFFFpFFFFFFFFp #8,2
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFuFFFFpFFFFFFFFp #8,3
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFuFFFpFFFFFFFFp #8,4
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFuFFpFFFFFFFFp #8,5
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFuFpFFFFFFFFp #8,6
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFupFFFFFFFFp #8,7
#
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpuFFFFFFFp #9,1
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFuFFFFFFp #9,2
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFuFFFFFp #9,3
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFuFFFFp #9,4
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFuFFFp #9,5
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFuFFp #9,6
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFuFp #9,7
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFpFFFFFFFpFFFFFFFup #9,8
#
# MULTIVARIAT
!i Om inte alla kovarianser kan skattas samtidigt, sätt in F
!i (men glöm inte !continue -fällan!)
#Trait 0 US  !Gpupuupuuupuuuupuuuuupuuuuuupuuuuuuupuuuuuuuup
!i Startvärdeschablon: 1 för vitaliteter, 1000 för mätvärden,
!i 2 för antal eller 1-9-skala (använd gärna bättre startvärden):
1
0 1
0 0 1000
0 0 0 1000
0 0 0 0 1000
0 0 0 0 0 2
0 0 0 0 0 0 2
0 0 0 0 0 0 0 2
0 0 0 0 0 0 0 0 2
#
Trait.Genotype_id 2
# UNIVARIAT
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #0,0
# BIVARIAT
#Trait 0 CORGH !GuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #2,1
#Trait 0 CORGH !GZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #3,1
#Trait 0 CORGH !GZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #3,2
#Trait 0 CORGH !GZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #4,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #4,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #4,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #5,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #5,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #5,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #5,4
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #6,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #6,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #6,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #6,4
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #6,5
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #7,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #7,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #7,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #7,4
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #7,5
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #7,6
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZppppppppp #8,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZppppppppp #8,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZppppppppp #8,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZppppppppp #8,4
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZppppppppp #8,5
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZppppppppp #8,6
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZppppppppp #8,7
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZppppppppp #9,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZppppppppp #9,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZppppppppp #9,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZppppppppp #9,4
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZppppppppp #9,5
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZppppppppp #9,6
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZppppppppp #9,7
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuppppppppp #9,8
# MULTIVARIAT
!i Om inte alla korrelationer kan skattas samtidigt, sätt in Z!
#Trait 0 CORGH !Guuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuppppppppp
!i Startvärdeschablon: 0.1 för vitaliteter, 100 för mätvärden,
!i 0.2 för antal eller 1-9-skala (använd gärna bättre startvärden):
0
0 0
0 0 0
0 0 0 0
0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0
0.1 0.1 100 100 100 0.2 0.2 0.1 0.1
#
Genotype_id 0 AINV
För en beskrivning av det här senaste sättet att formulera ASReml-analys, se vidare Skattning av genetiska parametrar med Asreml där idén med standardstruktur och förpreparerade rader för univariat analys, bivariat korrelationsanalys och till sist även multivariat analys beskrivs.
Tore Ericsson
avdelning: Datorbruk ämne: Asreml Exempel
föregående: Säkerhetskopiering av webbplatser nästa: Avelsvärdering, tall
kommentera:
	Name (krävs) Remember
	Email (gärna – visas aldrig)
	http:// ... (frivillig webbadress)
	Message (krävs)
Upp
Om du misstänker att jag inte fått din kommentar: Skicka samma kommentar igen! Jag vill gärna visa din kommentar om den rör artikeln men har inte själv kontroll över att alla servrar fungerar... / Tore
Toretänk

Lagom klok lever man bäst – aldrig alltför klok

Spatialanalys och fleregenskapsanalys · 2009-03-03 15:05
