Skattning av genetiska parametrar med Asreml · 2008-06-25 20:11 (3 komm.)
Ett exempel från verkligheten, tillrättalagt för den som är något bekant med multivariat genetisk tree-model-analys av skogsträdsförsök med Arthur Gilmours Asreml.
Bakgrund
Efter förberedande egenskapsvisa analyser av ett genetiskt försök med tall ska följande sju egenskaper analyseras (Adj_ betyder att värdena är justerade efter spatialanalys):
1: Vit_16 (vitalitet 16 år)
2: Adj_Hjd_12 (trädhöjd 12 år)
3: Adj_Hjd_16 (trädhöjd 16 år)
4: Sprant_12 (sprötkvistar 12 år)
5: Adj_Gvin_12 (grenvinkel 12 år)
6: Gkva_12 (grenkvalitet 12 år)
7: Rak_12 (stamrakhet 12 år)
Vi ska försöka skatta hur de eventuellt är genetiskt korrelerade i det här försöket, men börjar med att göra en single-trait-körning i den multivariata alla-på-en-gång-uppställningen.
Efter den, som bara har som syfte att känna igen alla data från de förberedande analyserna, börjar vi att parvis ta fram eventuella genetiska korrelationer. Så småningom ska de visa vägen till en multitrait-körning — om allt går vägen. Vi förbereder oss genom att preparera Asreml-kommandorader för korrelationsanalyserna.
Fördelen
med det här sättet jämfört med att köra “äkta” bivariata analyser (egenskaper två och två i upprepade körningar) är att man inte behöver tänka på att byta designtermer som kan vara egenskapsvis olika. Här ställer man upp allting på en gång och dubbelkollar en gång för alla.
De kommandorader som man växlar mellan (Trait 0 US !G … och Trait 0 CORGH !G …) kan man tillverka i en texteditor. Mönstret följer Asremls indexordning för US- respektive CORGH-strukturer.
Efterhand kan man kopiera in asr-resultaten i Excel för att lättare kunna tolka dem och beräkna korrelationer, heritabiliteter, och så vidare. Se Excel-arket allra längst ned som kommer från det följande exemplets multivariatkörning — det här exemplet alltså, där kommandoraderna för det första egenskapsparet är aktiverat (US- och CORGH-rader måste paras rätt; rader med # är inaktiva – och varning för !CONTINUE, se längre ned):
...
!PART 12
!FILTER GA !SELECT 1 !DDF 0 #!CONTINUE #!AISING
Vit_16 Adj_Hjd_12 Adj_Hjd_16 Sprant_12 Adj_Gvin_12 Gkva_12 Rak_12 ~ Trait,
at(Trait,1).Block,
at(Trait,2).Block,
at(Trait,3).Block,
at(Trait,4).Block,
at(Trait,5).Block,
at(Trait,6).Block,
at(Trait,7).Block,
!r,
at(Trait,2).Ruta,
at(Trait,3).Ruta.Rad,
Trait.Genotype_id
1 2 1 #!STEP 0.01 !SLOW 20
0 0 IDEN
# Univariat analys
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFp
# Bivariat analys
Trait 0 US !GpupFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFp #2,1
#Trait 0 US !GpFpuFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFp #3,1
#Trait 0 US !GpFpFupFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFp #3,2
#Trait 0 US !GpFpFFpuFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFp #4,1
#Trait 0 US !GpFpFFpFuFpFFFFpFFFFFpFFFFFFp #4,2
#Trait 0 US !GpFpFFpFFupFFFFpFFFFFpFFFFFFp #4,3
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpuFFFpFFFFFpFFFFFFp #5,1
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFuFFpFFFFFpFFFFFFp #5,2
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFuFpFFFFFpFFFFFFp #5,3
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFFupFFFFFpFFFFFFp #5,4
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFFFpuFFFFpFFFFFFp #6,1
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFFFpFuFFFpFFFFFFp #6,2
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFFFpFFuFFpFFFFFFp #6,3
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFuFpFFFFFFp #6,4
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFupFFFFFFp #6,5
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpuFFFFFp #7,1
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFuFFFFp #7,2
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFuFFFp #7,3
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFuFFp #7,4
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFuFp #7,5
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFup #7,6
# Multivariat analys
#Trait 0 US !GpFpFFpFFFpFFuupFFuFupFFuFuup
1 0 100 0 0 100 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1
#
Trait.Genotype_id 2
# Univariat analys
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppp
# Bivariat analys
Trait 0 CORGH !GuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppp #2,1
#Trait 0 CORGH !GZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppp #3,1
#Trait 0 CORGH !GZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppp #3,2
#Trait 0 CORGH !GZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppp #4,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZppppppp #4,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZppppppp #4,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZppppppp #5,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZppppppp #5,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZppppppp #5,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZppppppp #5,4
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZppppppp #6,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZppppppp #6,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZppppppp #6,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZppppppp #6,4
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZppppppp #6,5
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZppppppp #7,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZppppppp #7,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZppppppp #7,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZppppppp #7,4
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZppppppp #7,5
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuppppppp #7,6
# Multivariat analys
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZuuZZuZuZZuZuuppppppp
0
0 0
0 0 0
0 0 0 0
0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
1 10 10 1 1 1 1
Genotype_id 0 AINV
CONTINUE-fällan
Kom i håg att om en bivariatkörning startas med !CONTINUE nollställs inte föregående körnings resultat, och den nya körningen påverkas! Ta bort det (eller inaktivera så här: #!CONTINUE) för upprepade oberoende körningar.
Resultaten
från var och en av bivariatkörningarna kan man med fördel kopiera in i en Excel-tabell som har samma stomme som den här med resultatet från multivariatanalysen:
| Mina ant. | Inkopierat från asr - | filen | Beräkn. | |||
| Source… | Component | Comp/SE | % | C | ||
| 1 Vit16 | Residual… | 1.05497 | 26.29 | 0 | P | |
| 2,1 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 2 H12 | Residual… | 3457.22 | 23.33 | 0 | P | |
| 3,1 | Residual… | 89.315 | 25.07 | 0 | U | 0.770 |
| 3,2 | Residual… | 4045.2 | 21.27 | 0 | U | 0.610 |
| 3 H16 | Residual… | 12739.5 | 30.21 | 0 | P | |
| 4,1 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 4,2 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 4,3 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 4 Spr12 | Residual… | 0.445744 | 21.71 | 0 | P | |
| 5,1 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 5,2 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 5,3 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 5,4 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 5 Gvin12 | Residual… | 0.644949 | 11.76 | 0 | P | |
| 6,1 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 6,2 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 6,3 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 6,4 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 6,5 | Residual… | 0.144215 | 3.88 | 0 | U | 0.218 |
| 6 Gkva12 | Residual… | 0.680473 | 15.85 | 0 | P | |
| 7,1 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 7,2 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 7,3 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 7,4 | Residual… | -0.124966 | -9.75 | 0 | U | -0.317 |
| 7,5 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 7,6 | Residual… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 7 Rak12 | Residual… | 0.348574 | 24.8 | 0 | P | |
| 2,1 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 3,1 | Trait.Genotype_id… | 0.545118 | 3.71 | 0 | U | 0.545 |
| 3,2 | Trait.Genotype_id… | 0.857321 | 9.03 | 0 | U | 0.857 |
| 4,1 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 4,2 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 4,3 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 5,1 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 5,2 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 5,3 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 5,4 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 6,1 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 6,2 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 6,3 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 6,4 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 6,5 | Trait.Genotype_id… | 0.684081 | 5.96 | 0 | U | 0.684 |
| 7,1 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 7,2 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 7,3 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 7,4 | Trait.Genotype_id… | -0.890914 | -3.7 | 0 | U | -0.891 |
| 7,5 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 7,6 | Trait.Genotype_id… | 0 | 0 | 0 | F | |
| 1 Vit16 | Trait.Genotype_id… | 0.0284965 | 1.15 | 0 | P | 0.026 |
| 2 H12 | Trait.Genotype_id… | 216.675 | 2.11 | 0 | P | 0.059 |
| 3 H16 | Trait.Genotype_id… | 1065.48 | 3.19 | 0 | P | 0.077 |
| 4 Spr12 | Trait.Genotype_id… | 0.0353631 | 2.06 | 0 | P | 0.074 |
| 5 Gvin12 | Trait.Genotype_id… | 0.352392 | 4.63 | 0 | P | 0.353 |
| 6 Gkva12 | Trait.Genotype_id… | 0.185292 | 3.62 | 0 | P | 0.214 |
| 7 Rak12 | Trait.Genotype_id… | 0.012086 | 1.43 | 0 | P | 0.034 |
Excel-bladet har tre delar:
Överst plats för skattningar av miljömässiga varianser och kovarianser, numrerade i västerkolumnen (rad, kolumn i matrisen; jfr med egenskapslistan överst i den här artikeln). I högerkolumnen beräknade miljömässiga korrelationer
Därefter de genetiska korrelationerna, numrerade på samma sätt, men utan diagonalelement. Skattade korrelationer även i högerkolumnen
Nederst skattningar av genetiska varianser och beräknade heritabiliteter för de sju egenskaperna
Beräknade värden i högerkolumnen är korrelationer (bruna) och heritabiliteter (blå) tillverkade med vanliga Excel-formler
Tore Ericsson
kommentarer
-
Av Tore 2008-06-26 07:45 #
I sanningens namn medges att jag uteslutit tre rader med designtermer som egentligen ska stå först i Excel-tabellens resultatlista!
-
Av Tore 2008-06-26 22:29 #
Om du undrar över de väldigt låga heritabiliteterna för höjd: Ja, det undrar jag också över. Under utredning!
-
Av Tore 2008-08-11 09:59 #
Efter att själv ha fastnat en par gånger i CONTINUE-fällan fick den en egen rubrik i texten ovan …
kommentera: