Söktext
 Upp   Ned   Mittemellan 

Skattning av genetiska parametrar med Asreml  · 2008-06-25 20:11   (3 komm.)


Ett exempel från verkligheten, tillrättalagt för den som är något bekant med multivariat genetisk tree-model-analys av skogsträdsförsök med Arthur Gilmours Asreml.

Bakgrund
Efter förberedande egenskapsvisa analyser av ett genetiskt försök med tall ska följande sju egenskaper analyseras (Adj_ betyder att värdena är justerade efter spatialanalys):

1: Vit_16       (vitalitet 16 år)
2: Adj_Hjd_12   (trädhöjd 12 år)
3: Adj_Hjd_16   (trädhöjd 16 år)
4: Sprant_12    (sprötkvistar 12 år)
5: Adj_Gvin_12  (grenvinkel 12 år)
6: Gkva_12      (grenkvalitet 12 år)
7: Rak_12       (stamrakhet 12 år)

Vi ska försöka skatta hur de eventuellt är genetiskt korrelerade i det här försöket, men börjar med att göra en single-trait-körning i den multivariata alla-på-en-gång-uppställningen.

Efter den, som bara har som syfte att känna igen alla data från de förberedande analyserna, börjar vi att parvis ta fram eventuella genetiska korrelationer. Så småningom ska de visa vägen till en multitrait-körning — om allt går vägen. Vi förbereder oss genom att preparera Asreml-kommandorader för korrelationsanalyserna.

Fördelen
med det här sättet jämfört med att köra “äkta” bivariata analyser (egenskaper två och två i upprepade körningar) är att man inte behöver tänka på att byta designtermer som kan vara egenskapsvis olika. Här ställer man upp allting på en gång och dubbelkollar en gång för alla.

De kommandorader som man växlar mellan (Trait 0 US !G … och Trait 0 CORGH !G …) kan man tillverka i en texteditor. Mönstret följer Asremls indexordning för US- respektive CORGH-strukturer.

Efterhand kan man kopiera in asr-resultaten i Excel för att lättare kunna tolka dem och beräkna korrelationer, heritabiliteter, och så vidare. Se Excel-arket allra längst ned som kommer från det följande exemplets multivariatkörning — det här exemplet alltså, där kommandoraderna för det första egenskapsparet är aktiverat (US- och CORGH-rader måste paras rätt; rader med # är inaktiva – och varning för !CONTINUE, se längre ned):

...
!PART 12 
!FILTER GA !SELECT 1 !DDF 0 #!CONTINUE #!AISING
Vit_16 Adj_Hjd_12 Adj_Hjd_16 Sprant_12 Adj_Gvin_12 Gkva_12 Rak_12 ~ Trait,
	at(Trait,1).Block,
	at(Trait,2).Block,
	at(Trait,3).Block,
	at(Trait,4).Block,
	at(Trait,5).Block,
	at(Trait,6).Block,
	at(Trait,7).Block,
!r,
	at(Trait,2).Ruta,
	at(Trait,3).Ruta.Rad,
Trait.Genotype_id
1 2 1 #!STEP 0.01 !SLOW 20
0 0 IDEN
# Univariat analys
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFp 
# Bivariat analys
 Trait 0 US  !GpupFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFp #2,1
#Trait 0 US  !GpFpuFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFp #3,1
#Trait 0 US  !GpFpFupFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFp #3,2
#Trait 0 US  !GpFpFFpuFFpFFFFpFFFFFpFFFFFFp #4,1
#Trait 0 US  !GpFpFFpFuFpFFFFpFFFFFpFFFFFFp #4,2
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFupFFFFpFFFFFpFFFFFFp #4,3
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpuFFFpFFFFFpFFFFFFp #5,1
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFuFFpFFFFFpFFFFFFp #5,2
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFuFpFFFFFpFFFFFFp #5,3
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFupFFFFFpFFFFFFp #5,4
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpuFFFFpFFFFFFp #6,1
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFuFFFpFFFFFFp #6,2
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFuFFpFFFFFFp #6,3
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFuFpFFFFFFp #6,4
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFupFFFFFFp #6,5
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpuFFFFFp #7,1
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFuFFFFp #7,2
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFuFFFp #7,3
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFuFFp #7,4
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFuFp #7,5
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFFFpFFFFFpFFFFFup #7,6
# Multivariat analys
#Trait 0 US  !GpFpFFpFFFpFFuupFFuFupFFuFuup
 1 0 100 0 0 100 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 
#
Trait.Genotype_id 2
# Univariat analys
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppp 
# Bivariat analys
 Trait 0 CORGH !GuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppp #2,1
#Trait 0 CORGH !GZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppp #3,1
#Trait 0 CORGH !GZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppp #3,2
#Trait 0 CORGH !GZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZZppppppp #4,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZZppppppp #4,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZZppppppp #4,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZZppppppp #5,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZZppppppp #5,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZZppppppp #5,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZZppppppp #5,4
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZZppppppp #6,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZZppppppp #6,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZZppppppp #6,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZZppppppp #6,4
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZZppppppp #6,5
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZZppppppp #7,1
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZZppppppp #7,2
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZZppppppp #7,3
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZZppppppp #7,4
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuZppppppp #7,5
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZuppppppp #7,6
# Multivariat analys
#Trait 0 CORGH !GZZZZZZZZuuZZuZuZZuZuuppppppp
0
0 0
0 0 0
0 0 0 0
0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
1 10 10 1 1 1 1
Genotype_id 0 AINV
(Asreml-exemplet som PNG)

CONTINUE-fällan
Kom i håg att om en bivariatkörning startas med !CONTINUE nollställs inte föregående körnings resultat, och den nya körningen påverkas! Ta bort det (eller inaktivera så här: #!CONTINUE) för upprepade oberoende körningar.

Resultaten
från var och en av bivariatkörningarna kan man med fördel kopiera in i en Excel-tabell som har samma stomme som den här med resultatet från multivariatanalysen:

Mina ant. Inkopierat från asr - filen       Beräkn.
  Source… Component Comp/SE % C  
1 Vit16 Residual… 1.05497 26.29 0 P  
2,1 Residual… 0 0 0 F  
2 H12 Residual… 3457.22 23.33 0 P  
3,1 Residual… 89.315 25.07 0 U 0.770
3,2 Residual… 4045.2 21.27 0 U 0.610
3 H16 Residual… 12739.5 30.21 0 P  
4,1 Residual… 0 0 0 F  
4,2 Residual… 0 0 0 F  
4,3 Residual… 0 0 0 F  
4 Spr12 Residual… 0.445744 21.71 0 P  
5,1 Residual… 0 0 0 F  
5,2 Residual… 0 0 0 F  
5,3 Residual… 0 0 0 F  
5,4 Residual… 0 0 0 F  
5 Gvin12 Residual… 0.644949 11.76 0 P  
6,1 Residual… 0 0 0 F  
6,2 Residual… 0 0 0 F  
6,3 Residual… 0 0 0 F  
6,4 Residual… 0 0 0 F  
6,5 Residual… 0.144215 3.88 0 U 0.218
6 Gkva12 Residual… 0.680473 15.85 0 P  
7,1 Residual… 0 0 0 F  
7,2 Residual… 0 0 0 F  
7,3 Residual… 0 0 0 F  
7,4 Residual… -0.124966 -9.75 0 U -0.317
7,5 Residual… 0 0 0 F  
7,6 Residual… 0 0 0 F  
7 Rak12 Residual… 0.348574 24.8 0 P  
2,1 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
3,1 Trait.Genotype_id… 0.545118 3.71 0 U 0.545
3,2 Trait.Genotype_id… 0.857321 9.03 0 U 0.857
4,1 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
4,2 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
4,3 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
5,1 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
5,2 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
5,3 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
5,4 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
6,1 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
6,2 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
6,3 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
6,4 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
6,5 Trait.Genotype_id… 0.684081 5.96 0 U 0.684
7,1 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
7,2 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
7,3 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
7,4 Trait.Genotype_id… -0.890914 -3.7 0 U -0.891
7,5 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
7,6 Trait.Genotype_id… 0 0 0 F  
1 Vit16 Trait.Genotype_id… 0.0284965 1.15 0 P 0.026
2 H12 Trait.Genotype_id… 216.675 2.11 0 P 0.059
3 H16 Trait.Genotype_id… 1065.48 3.19 0 P 0.077
4 Spr12 Trait.Genotype_id… 0.0353631 2.06 0 P 0.074
5 Gvin12 Trait.Genotype_id… 0.352392 4.63 0 P 0.353
6 Gkva12 Trait.Genotype_id… 0.185292 3.62 0 P 0.214
7 Rak12 Trait.Genotype_id… 0.012086 1.43 0 P 0.034

Excel-bladet har tre delar:

Överst plats för skattningar av miljömässiga varianser och kovarianser, numrerade i västerkolumnen (rad, kolumn i matrisen; jfr med egenskapslistan överst i den här artikeln). I högerkolumnen beräknade miljömässiga korrelationer

Därefter de genetiska korrelationerna, numrerade på samma sätt, men utan diagonalelement. Skattade korrelationer även i högerkolumnen

Nederst skattningar av genetiska varianser och beräknade heritabiliteter för de sju egenskaperna

Beräknade värden i högerkolumnen är korrelationer (bruna) och heritabiliteter (blå) tillverkade med vanliga Excel-formler


 
avdelning: Datorbruk   ämne:  

CORGH BiTÅ, tvaramark.se och Joomla!


kommentarer

  1. Av  Tore  2008-06-26 07:45    #

    I sanningens namn medges att jag uteslutit tre rader med designtermer som egentligen ska stå först i Excel-tabellens resultatlista!

  2. Av  Tore  2008-06-26 22:29    #

    Om du undrar över de väldigt låga heritabiliteterna för höjd: Ja, det undrar jag också över. Under utredning!

  3. Av  Tore  2008-08-11 09:59    #

    Efter att själv ha fastnat en par gånger i CONTINUE-fällan fick den en egen rubrik i texten ovan …


kommentera:

 
     
 
 
 
Upp
Om du misstänker att jag inte fått din kommentar: Skicka samma kommentar igen! Jag vill gärna visa din kommentar om den rör artikeln men har inte själv kontroll över att alla servrar fungerar... / Tore